元代初期，采取了一些发展农业生产的措施，使经济得到了一定程度的恢复。在元朝的中后期加强了统治，也加剧了社会矛盾。

    元朝统治者进入武陵，对五溪、南方人，他们定义为最低贱的四等人，压迫和剥削更加残酷，不仅试图以游牧生产、生活方式取代汉、苗、瑶、侗、土等民族的生产、生活方式，而且向五溪居民征收繁重的赋税。“定额租每亩纳谷一石三斗至二石六斗”，“每户摊税一贯二钱”（《元史·食货》），此外，还向佃户征丝，索取鸡鸭等物。据《湖南通志》记载，从成宗大德六年（1297）至仁宗延祐五年（1318）的二十一年间，武陵地区就发生了八次大灾荒。灾荒连年，民不聊生，朝廷压榨却有增无减。仁宗延祐七年，“冬十二月诏增荆湖田赋额斗加升。”

    当时，武陵地区的土地同中国南方各地一样，土地集中程度甚于南朝，人身依附关系也极为严重。农民多沦为佃农，属“最下等人”，既无生活保障，也无人身保障。佃户生男供封建主奴役，生女为封建主婢妾。同时，元朝在各地设立许多官营匠局，把百万户的手工业集中在那里做工，沦为工奴。“他们被编为‘军匠’或‘官局人匠’，世代在官营作坊中生产，非经免放，子孙不能脱籍。”（《简明中国古代史》）。致使手工业遭到严重破坏，商业停滞萎缩。朝廷滥发纸币，“元宝钞”急剧贬值，造成物价飞涨。高利贷盘剥十分沉重，“一年本利相等，次年本利增一倍，十年本利竟达一千二十四倍”（《简明中国古代史》）。由此可见，广大百姓的生活是非常悲惨的。这样也就激起了人民的强烈反抗，以各种不同的方式，同元朝的残酷统治进行了坚决的斗争。

    元至正元年（1341），瑶族首领蒋丙、唐大二、何仁甫等，在道州聚众反元，他们破江华，掠宁远等州。蒋丙被众推为“顺天王”，活动于靖州、黔阳、寻州（今广西桂平）一带，相继克连州、桂州等地，队伍扩大到数万人。

    至正六年（1346），靖州零溪瑶族首领吴天保、杨留总，在蒋丙的影响下，率领诸蛮举旗反元，反抗元朝廷的民族歧视和民族压迫政策。吴天保、杨留总他们能成为瑶族首领，是他们熟读经史，深谙兵事，有谋略，有威望，所以当他们揭竿而起，靖州、绥宁、武冈、锦屏等地苗族、瑶族、侗族、土族等民众纷纷响应。十月，起事军向东发展，攻占了会同、洪江、武冈等县。元朝廷派遣湖广行省右丞相秃赤、湖南宣慰元帅完者贴木儿率领官兵，自邵州（今邵阳）出兵讨伐。

    由于攻城受挫，吴天保率领起事军转而向北进攻黔阳，并一举占领了黔阳县城。元至正七年（1347）二月，吴天保进攻沅州，因沅州城池较坚固，加之时任沅州路总管朵尔赤云甫，古蒙人，守城有经验，吴天保未克。五月，吴天保率领起事军东进，二次进攻武冈路。七月，起事军第二次进攻沅州，仍未克。继而连续攻占溆浦县城和辰溪县城。九月，吴天保起事军第二次复克武冈，进而攻陷宝庆，大败元军，击毙了 湖广行省右丞相沙班于军中。元王朝这几位统兵将帅，原本都是南征北战，远征中亚、细亚的悍将，身经百战，战功无数，却在这五溪之地累累败绩。这是因他们善于马战，善于在平原地区驰骋砍杀，他们不善于山战，彪悍的蒙古马在崇山峻岭、沟谷纵横的山地也失去了战斗力。是年十月，吴天保率民军三攻沅州，但还是没能攻克。转道攻克靖州，元王朝急令威顺王宪彻不范、镇南王博罗布哈率湖广、江西两省官兵镇压。吴天保率军在沅州、靖州与官军激战，官军战败。

    元至正八年（1348）三月，吴天保率领民军第四次攻打沅州，仍然没有打下。十一月，吴天保率领起事军转而攻占全州。自此，起事军已经占领了五溪地区大部分州县及广西、贵州一带，拥兵六万余人。

    元至正九年（1349）三月，吴天保率领民军，第五次攻打沅州，沅州城固若金汤，始终没有攻克。三月七日，蒙元官军乘起事军主力外出之机，包围了起事军根据地零溪。杨留总兵败被俘，被押往大都。杨留总不管朝廷怎样利诱，誓死不投降，杨留总在元大都英勇就义。杨留总被杀害后，吴天保仍然率领民军继续坚持战斗。十二月，吴天保率民军一举攻陷辰州。之后，元朝统治者在多次增兵进剿均无效果的情况下，乃采取欺骗的办法进行“招抚”，同时增兵驻守，致使吴天保民军活动日益困难。吴天保只得转战湖北，进入河南，攻占荥阳。

    元至正十五年（1355），吴天保死后，所部有的与刘福通领导的农民军汇合，有的参加了两湖徐寿辉领导的农民军。