孙可望投降清朝以后，顺治十五年（1658）正月初九日，清廷又任命信郡王多尼为安靖寇大将军，同平郡王罗可铎、贝勒尚善、杜兰、固山额真伊尔德、阿尔津、巴思汉、卓罗等带领大批八旗兵南下，“专取云南”，敕谕中明确规定“如贵州三路大兵有料理未尽者亦并加绥定”。罗托率军于二月间到达湖南常德后，即会同经略洪承畴部左标提督李本深、右标提督张勇等部官兵一万六千名进占辰州，另由偏沅巡抚袁廊宇领总兵李茹春、王平、南一魁、陈德等部官兵一万一千人，由宝庆进占武冈、新宁、城步、绥宁。是月下旬到三月间，罗托、洪承畴指挥的清军已经占领湖南沅州、靖州。长期在湘西同清朝廷相持的南明军全线溃败。清军乘胜追击，占领贵州镇远、黄平，平越州（今福泉）。四月，占领省会贵阳，南明安顺巡抚冷孟饪兵败身亡。清兵复以三路大军进兵滇黔。吴三桂自汉中保宁至建昌以攻姚安为西路；信郡王统旗兵由襄阳、荆门渡泸水，期会于杨志堡至贵阳，向乌撒以攻曲靖为中路；渠帅多尼、罗托统旗兵自桂林、庆远、东兰、泗城土司诸地，包抄攻禄礼站渡盘江之南为南路。情势受急，永历帝朱由榔逃往缅甸。顺治十六年（1659）正月，清军攻陷昆明、云南平定。洪承畴上疏说，云南地方险远，少数民族众多，不易治理，要留兵驻镇，于是顺治帝以吴三桂为平西王留驻昆明。洪承畴又看到云南地区地瘠民苦，疏请内帑赈济贫民，建议向逃往缅甸的桂王（永历帝）余部进军。做好战后的云贵地区的社会秩序渐趋稳定，生产开始恢复。是年二月，吴三桂勒兵入缅甸，索要永历帝。缅甸见大势至此，也想结好吴三桂，便献出了朱由榔。吴三桂本应将其解送入京，但怕路途中被李定国劫走，秘请以就地以诛，清顺治帝福临允之。四月二十五日，吴三桂于昆明绞杀做了十五年南明永历帝的朱由榔。

    清朝定鼎以后，也仍然还有大部分以苗族人民起事为主。闻有瑶、侗、土族人民的奋起反抗清朝政府的压迫。清康熙三年（1664），偏沅巡抚从沅州移至长沙。沅州改隶湖南布政司，辖芷江、黔阳、麻阳三县，领凤凰厅、永绥厅、晃州厅等。清康熙五年（1666）五月，黔阳县熟坪罗翁山瑶民沈怀山、克绍宇举兵反清，远近震动。那时瑶民聚族而居，各有首领。沈怀山住梓木驼，克绍宇住照面山，风亚六住古木界，苟荣山住蓝家洞。黔阳在十年前被纳入清朝版图，黔阳瑶民遭到官府豪绅歧视、压榨，田土被占没，房屋被侵夺，民族矛盾经常发生。

    康熙五年，城步石灰寨瑶人李癞子聚众起事，绥宁通道之间吴老潘称王抗清。武冈之白茅陇、邵阳、溆浦之间麻塘、东山等地瑶民相继举兵响应。黔阳罗翁沈怀山、克绍宇瑶首也接着呼应反清，于是年三月，率诸瑶内出掠武冈之   溪、宗溪、崇阳、白蕉一带，焚杀甚惨，又以兵劫古木界瑶酋风亚六。古木界在罗翁东北，近子弟乡之大陇，风亚六又名六高峰，明朝时曾授都司衔，年六十余，谙习外事，有谋善辩。幼子为沈怀山女婿。风亚六素佃县粮，黔阳知县张扶翼将他召县里，以酒食礼仪相待，并许诺免除其徭役，风亚六非常感激，发誓不复反清。其弟暗与沈怀山、克绍宁合兵，风亚六聚集其族，捉住其弟并杀之，以明不叛。蓝家峒附近古木界，新酋苟荣山、丁亚种、辰亚柳。苟荣山黠而狡，外与沈、克诸瑶合势而内持两可。黔阳供洪、四里、子弟、七里俱附近罗翁，瑶众虽未犯境，但其势方张。下十里男妇俱迁避安江大河以北。

    五月，起事势力益炽。县令张扶翼遣役黄廷耀上山说服各酋。诸酋回说：“我们不是反叛，只是报  溪旧怨，请转告父母官，我们不犯黔阳境内一草一木。”此时，城步瑶兵与武冈官军正在血战，沈怀山、克绍宇等诸酋领瑶兵前往增援。张县令唯恐累及黔阳，于是，请辰沅兵道李世铎、沅州总兵官李逢茂发兵。五月十一日，沅州总兵官李逢茂遣二名千总、把总充任前锋，右营高国勋率兵四百，征集江上民船载兵顺流而下，十四日驻营安江。抽调太平乡勇捣其后，供洪乡勇捣其左，小坪乡勇捣其右。武冈、 溪、宗溪官兵攻其前。张扶翼亲领大军驻营熟坪，截其粮道。张令担心一下难以取胜，在大军压境的情况下，便采取分化瓦解的方法，又遣黄廷耀，易南溪上山招降，又密令卢慎生、林近臣等说老瑶酋风亚六先招降蓝家峒新酋苟荣山，丁亚种、辰亚柳见势也主动来降，如此离间了沈怀山、克绍宇。七月十四日，沈、克诸酋粮尽势孤，但自以事大，恐在不会宽宥，只好各令其郎婿刻木为符，发誓再不造反以试探。张扶翼令使再往谕之，只要真心归顺，许释前罪，一切不予追究。沈、克各酋方率众归降。

    此时，罗翁以平时邵溆之间的麻塘，辰溪溆浦之间的东山，尚拥众拒战。张令素以恩信著称，驰檄令代办麻塘、东山瑶。张扶翼又遣黄廷耀檄谕风亚六往谕麻塘、东山各峒瑶酋，八月，麻塘、东山悉平。为时一月余的瑶民起事宣告结束，边境遂宁。

    瑶山无田，先是山上各瑶请佃山下民田，前令止令完纳正赋，其法甚好，故子弟乡四，七两里，旧有瑶粮，既因拥众作乱、遂失春耕。知县张扶翼考虑瑶民无粮食，后且为患，查山下荒田，令瑶民佃作，免其徭役。瑶民既安插得所，始有乐土之依。兵灾之后，城垣、学校、官廨多就残毁，一一修茸之。