土司制度到了清初，已经不适应社会的发展了。当西南少数民族地区从劳役地租向实物地租过渡时，世袭土司仍强迫人民无偿服役。土司中又一再发生侵吞其他地区土地，甚至公开发展到武装叛乱的事件。如四川西部的藏族地区，就发生了大小金川事件。

    乾隆十二年至四十一年（1747-1776），清廷对四川省的大、小金川地方土司进行了两次重要作战。大、小金川地处四川省西北部大渡河上游，山高水险，约三万户藏民聚居其间。清顺治七年（1650），清廷以金川卜尔吉细内附，授土司职。康熙五年（1666），又以嘉勒巴归诚，授“演化禅师”印。雍正元年（1723）。以嘉勒巴庶孙莎罗奔曾从清军将领岳钟琪平定西藏羊峒有功，授金川安抚司。莎罗奔以属地自号大金川，以旧土司泽旺为小金川，自此，大小金川分治。莎罗奔势力日益壮大，图谋兼并小金川及邻近诸土司。

    乾隆十一年（1746），莎罗奔劫持泽旺及其印信。经四川总督檄谕后，才使泽旺回归小金川。

    乾隆十二年（1747），莎罗奔起兵攻掠革布什札和明正两土司（今康定）等地区。清廷命四川巡抚纪山派兵弹压，反为所败，遂命云贵总督张广泗为四川总督，统邻近湖广、黔、川、桂、云几省三万官军分两路由川西、川南进击大金川。六月，进屯小金川之美诺（今小金县城），以泽旺弟良尔吉（实为莎罗奔间谍）为向导，打算是年告捷。而莎罗奔对清军动向了如指掌，固守勒乌围（今金川县东），令其侄郎卡居噶尔崖（又称噶拉衣，今金川县东南），倚山临河，莎罗奔率众奋力反抗，致使清军屡遭失利。张广泗又请增兵万人。

    十三年春，清廷派大学士讷亲为经略，前往督师，并起用被废黜还籍的岳钟琪为提督衔随行。讷亲初至，急功冒进，督军竭力攻打噶尔崖，总兵伍举、参将买国良战死，士兵死伤惨重，又采用以碉逼硐，逐碉争夺的战法与土军相抗。张广泗轻视讷亲不知兵事，故意推诿，力不协调，莎罗奔大破清军，损失三千余人。九月，乾隆帝弘历闻奏，十分震怒，将张泗押京以贻误军机罪斩首，讷亲亦赐死。改命大学士傅恒为经略。

    是年十二月，傅恒赴任，诛良尔吉立威，增调邻省、湖南、湖北、广西、贵州、云南精兵三万五千。十四年初，傅恒采用岳钟琪建议，分兵两路：北路出党坝（今金川县北）、泸坪（大金川），水陆并进；南路自甲索攻马牙冈、乃当两沟，避坚就隙，直逼大金川官寨，连克碉卡，军声大振。岳钟琪兵至勒乌围，因莎罗奔曾于康熙六十一年从岳钟琪用兵于川西北羊峒藏族地区，雍正元年岳钟琪又奏请授予莎罗奔“金川安抚司”印信，所以莎罗奔闻岳钟琪军攻入，心生恐惧，岳钟琪亲率一十三骑入营劝降，莎罗奔遂在乾隆十四年正月归降。乾隆帝诏赦莎罗奔父子，仍命其为土司，战事平息。第一次金川之战结束。

    此战之后，两金川土司仍然时起战乱。到乾隆中期，郎卡继承莎罗奔主持事务，日益拔邑，攻打小金川及革什札土司，并拒绝四川总督阿尔泰的调解。为了控制各土司，郎卡遂与绰斯甲布土司官和小金川泽旺之子僧格桑结成三部联姻。不久，郎卡病死，其子索诺木马与僧格桑结好益固。

    乾隆三十六年（1771），索诺木诱杀革布什札土司官，僧格桑再攻鄂克什和明正土司。四川总督阿尔泰奉命率军进击，在打箭炉（今康定县）半载按兵难进，被乾隆帝弘历治死罪。再命大学士温福为定边右副将军，由云南赴四川督师，以尚书桂林为四川总督，再度领兵前往征讨。

    温福由汶川出西路，桂林由打箭炉出南路，夹击小金川。此时僧格桑割地向索诺木求援，索诺木率兵相救。清军初战连夺关隘。三十七年五月，桂林派部将薛琮率兵三千，带五日军粮，进入墨垄沟（今小金县西南），被土司兵截断后路。桂林闻警不救，致全军覆没。清廷夺桂林职并斩首，授阿桂为参赞大臣，领军深入，直达小金川河南，以羊皮船夜渡连夺险隘，直捣大营。十二月，官军抵美诺，僧格桑势穷，转入大金川与索诺木合兵。官军攻至底木达，泽旺归降，小金川平定。

    为合攻大金川，清廷乾隆帝命温福为定边将军，阿桂、丰伸额为副将军。温福率邻省调来的精锐大军进攻大金川，遭到了索诺木的顽强抵抗。温福又袭用以碉逼碉的战术，建筑碉垒无数，将二万多官军四处分散，与索诺木对峙。三十八年夏，温福因敌守险兵不得进，只好屯兵于大金川东之木果木。索诺木指使小金川头人及诸土司集兵万余，乘机攻陷清军提督董天弼的底木达营，切断清军粮运，突袭木梁木，夺取炮台，四面突入，击败清军万余人。温福中枪身亡，各碉垒守兵见势逃散，提督马全、牛三畀战死，将士阵亡五千余人，小金川得而复失。

    乾隆帝闻败大惊，想起大小金川之战是自己十大武功之二，于是急命阿桂为定西将军，明亮、丰伸额为副将军，舒常为参赞大臣，征调邻省勇兵，同时还增调健锐、火器营二千人，黑龙江、吉林索伦兵二千人参战。

    十月，阿桂统领各地兵将数万，以三路分进合击小金川自率主力为西路，攻美诺；明亮为南路，攻美诺西翼门户僧格宗；丰伸额为西北路，攻宜喜（今金川县西北），牵制大金川。阿桂督军转战五天五夜，直抵美诺，各路也所向克捷。至十一月初，再将收复小金川，诸将移师进剿大金川。

    大金川多年增碉筑垒，防守严密。阿桂分兵三路，自率一部自小金川攻东西；丰伸额、明亮先后督兵党坝渡大金川上游攻西北；领队大臣富德督兵渡大金川下游攻西南。三十九年正月至七月，阿桂又命部将海兰察领兵五千与领队大臣福康安合兵分路进击，连克要寨，直逼勒乌围屏障逊克宗垒。索诺木恐惧，为求自保，便用计鸩杀僧格桑，献尸乞赦；遭阿桂拒绝。清军攻逊克宗垒半年不下，则改攻勒乌周围围其他山寨。

    乾隆四十年（1776）七月，官兵抵达勒乌围。勒乌围碉坚垒厚，西临大河，南有转径楼，与北部官寨互为犄角，设木栅石卡，长里余，下有暗道。其东部山麓分层立碉，各有重兵把守。阿桂率师先攻击其要害，破卡栅数十道，截断犄角，又捣毁桥梯，断其退路。明亮在河西猛攻，封锁水路。

    是年八月十五日夜，清军以火炮轰破勒乌围，次日平明，克转径楼，索诺木已先期遁走噶尔崖。阿桂转逼喝尔崖，与富德、明亮会师。十二月，清军三路会集于噶尔崖城下，断其水道，层层包围，水泄不通，并用大炮日夜轰击。索诺木走投无路，于次年二月初四率众二千余人出降。第二次大小金川之战结束。

    此战，乾隆经多次谋划，历经数十年血战，终获胜利。但屡易将帅，战术不当，又缺天时、地利、人和，致劳师靡饷。动用人力六十余万，耗费帑银七千万两，波及多个省份。乾隆帝几次诏谕，如《沅州府志》记载：乾隆三十八年（1773），奉上谕：“川省自征剿大小金川以来，贵州、湖广及云南昭通军营亦俱调拨官兵，所有师行供亿（军需供应）及一切运送军装、火药，俱动用官帑，丝毫不以累民。而沿途承应执劳，皆能踊跃趋事，民情殊为可嘉。兹当大小金川全境荡平，允宜广沛恩施，俾沾恺泽，用普春祺。曾传谕各该督抚，令查明征兵经过之地应如何酌量加恩分，分别具奏……所有官兵经过贵州毕节、威宁等十七州、县，湖广之竹山、竹溪、辰州、沅州等五十七州、县、厅，云南之恩安、大关同知等八州、县、厅，应征乾隆三十八年份钱粮，俱照该督抚等所奏，分别按数缓征，用纾民力。钦此！”沅州为这场战争，也付出了极大的努力，“调兵拨饷，且募夫运饷等事，沅民出力尤多。”

    此战，清军阵亡将士三万多人，杀四员大臣，而大小金川只是深山荒野，纵深仅仅二百余里，弹丸之地，与朝廷大军对抗作战的亦是人不满三万，武器装备非常落后的大小金川沿岸的藏民。所以其代价远远超过乾隆的其他任何一次武功。

    但经过大小金川之战，此后清朝廷在这一地区废除土司制，改置州县，又置重兵镇守，加强对该地区的管辖。巩固和发展了西南地区自雍正以来“改土归流”的成果，加强了边疆和内地的经济文化交流。