哪里有压迫，哪里就有反抗。苗族人民在满清官吏、汉族地主、苗族土司、通事苗官的联合压迫下，生活如牛马。他们累次起事反抗，决不是他们“野性难训”，而是他们有合理的公平、公正的民族精神。《湘军志》载有“群苗”的信条：“吾辈不知何者为反，以兵来者则战，以好来者则抚（和），饥则掠，怒则杀耳。吾不扰官，官乃扰吾，唯有强者胜耳。”

    为了治苗，明代嘉靖在沅州（治所芷江）设湖广、云南、贵州、四川四省总督府，万历又设偏沅巡抚驻沅州（芷江），清代雍正二年改为湖南巡抚。嘉庆又有治苗《善后六条》，其中巡抚李瀚章说：“究其始祸，无不由汉民之欺凌，官吏之贪暴。”因此，自古以来，这苗疆就常常发生少数民族举兵起事。近代受太平天国革命运动，特别是太平天国翼王石达开率军过境的影响，苗、瑶、侗、土等少数民族起事，更是连绵不断，经久不息。

    清咸丰四年（1854），贵州黔东南地区侗族首领姜应芳（又作姜映芳），领军三万多侗苗农民，掀起了一场声势浩大的武装起事。先后攻占天柱、锦屏、剑河、镇远、玉屏等县。所到之处张贴布告，没收财主土地，由农民插牌分种，谁种谁收，农民群众无不欢欣鼓舞。其时，晃州贡溪的侗族首领姜芝灵积极响应，他以玉龙山为根据地，聚集了五千多人的侗苗农民举行武装起事，在晃州的贡溪、中寨、凉伞等地，打富济贫，多次打败地主武装。

    同治元年（1862）春，姜芝灵率部与姜应芳会合约定，举兵进击沅州各地，于是三四万起事军分三路向沅州、辰州和靖州挺进。右路由陈大六（禄）、熊其明、李恒吉等率领，由邦洞出兰田，占米贝，下碧涌，与清军在沅州的西南禾翠亭相持数日后，突破清军阻击，直取沅州；左路由龙海宽等率领，由高酿取王寨讯，击溃刘登清、龙甲三的地主武装后，直下会同，占领会同县城；中路由姜应芳率领主力攻晃州，配合陈大六攻沅州，据《贵州通志》军事卷记载：“杀死黔楚官兵三千多人。”姜芝灵率军在玉龙山呼应，出兵麻阳、芷江，策应三路进军。

    同年七月上旬，湖南巡抚毛鸿宾急与曾国藩相商，急调湘军进取沅州。起事民军在碧涌、洞下场、罗岩、便水、波州、会同、靖州等地，与清军展开了激烈战斗，又歼清军三千多人。七月下旬，毛鸿宾向清廷请求增派援军。八月初，援兵赶到，毛鸿宾亲率清军从会同、沅州芷江间道避开民军阻击，直攻天柱。姜应芳闻讯，由晃州连夜回师驰援，途中遇敌截击，款场一战失利，姜应芳退守九龙山，姜芝灵退守江口屯。八月十六日，湘军集中主力，向九龙山发起攻击，双方激战于汉寨坳。时逢大雨倾盆，民军的抬枪、鸟铳被雨淋湿，无法打响而失去作用，湘军则以大炮轰击，木城崩塌，房屋着火，九龙山失守。湘军步步紧逼，姜应芳只得率部退至高丘、高场；陈大六、李恒吉退守大洋；龙海宽退至王寨讯与黎平团练激战，因叛徒出卖，被俘遭杀害。

    是年九月，湘军步步为营进逼民军，姜应芳率余部到达大洋，与陈大六、李恒吉会合，以图再举。不料在途中也遭叛徒张华秀、张华耀叛变，与清军合谋伏击，姜应芳为清军俘获。九月下旬，在铜仁惨遭杀害，时年二十九岁。余部在陈大六、李恒吉的接应下，退据江口屯，与姜芝灵会合，在江口屯一带继续坚持斗争，时达五年之久。

    同治七年（1868），清朝廷调清军席宝田部进兵江口屯。这席宝田是曾国藩湘军中有名的悍将，既有作战经验又有洋枪洋炮，在江口屯激战中，起事民军战败，李恒吉在战斗中阵亡，陈大六被俘遭杀害。姜芝灵势单力薄，只好率部退守玉龙山，且以玉龙山为根据地，活动于甘屯、扶罗、凉伞等地。同治十三年（1874），玉龙山终被清军攻陷，姜芝灵战死，余众尽遭杀害， 长达二十年之久的起事反清活动结束。

    当石达开率军过境入川，姜芝灵还在江口屯坚持斗争之时，湖南各地会党在他们的影响下，日趋活跃。溆浦哥老会会长张泽兰、张芝兰（贵州人）在沅州芷江、辰溪交界的帽子坡（今怀化石门乡），聚众数千，内踞山险地形，外联苗教各军，提出“打富济贫”的口号，宣布举兵起事，声势亦为浩大。湖南巡抚毛鸿宾急忙调兵遣将，命总兵赵福元领兵镇压。张芝兰趁敌未集，便分兵四路出击。击毙清军把总侯文华及兵勇十余人于怀化驿，前锋直抵中伙铺。清总兵赵福元、沅州知府戈鉴闻讯，自晃州边境撤兵回援沅州芷江。同治二年（1863）四月三十日，张芝兰派兵迎战，为伏兵所败。次日，扎营龙门溪旁高山，激战二十余天，斩杀清军千总段文凤，退守帽子坡。

    五月初，清军会攻帽子坡，张芝兰设卡迎战，因寡不敌众，退守丹木山（又作木兰山），清军进逼，张芝兰乃转退芷江、麻阳交界的麻阳山，设卡自保，并令其部将唐洪山、李老四等率一部远出宝庆小沙一带，机动作战，遥相策应。不久，张芝兰等率主力退往沅州芷江与麻阳交界的西晃山寨，以图东山再起。五月十日，清军副将周洪印分兵数路攻击，赵福元又调沅州的黔阳、芷江、麻阳及溆浦等县团勇分路围剿。五月十八日，清军杨洪明部用大炮轰开民军的主阵地狗拜岩。黔阳团总唐学炳率团勇从麻阳山背后，攻击民军阵地。溆浦提督武明良从麻阳山前门攻入寨内，周洪印也率军从麻阳山侧冀直逼主峰。民军四面受敌，陷入绝境，但仍英勇奋战，无一人投降，张芝兰直到战死，民军全部阵亡。

    清同治二年（1863）初，太平军李复猷部与川军刘岳昭及黔军交战不利，又闻石达开于三月在贵州安顺场全军覆没，李复猷即放弃继续进军的念头。于是，在七月率领本部人马，自黔、川入湘攻陷凤凰之得胜营，并由间道攻入麻阳高村。然后，原路返回，分兵几路，由细蔑垅攻芦坪，进入芷江榆树湾，与清军发生激战，击毙清军管带炮船游击李尊荣。八月攻下中方、丰坡等处。十一日，李复猷派先遣队化装成赶场的老百姓和商民，身藏兵器，乘机抢占沅江渡口黔阳县原神场。在与清军总兵赵福元部激战后，夺得一批木排竹筏，利用夜晚悄渡沅江，经托口、江西街，分兵两路。一路攻打坪村（会同县境），一路攻打堡子脚等处，在山坡村会合后，于十五日攻下了会同县城，杀死知县邓尔昌。十六、十七日，清总兵周洪印、副将滕加洪，游击田宗荣（营），都司秦友文率军分五路攻太平军。因清军人多势众，武器较太平军优越，太平军不敌，被迫撤出会同县城，由南乡岩头经甘棠坳（靖州境内）、燕子湾等处进入绥宁县境，后又折回通道，经贵州进入广西。