大清进入同治年间，轰轰烈烈的大股苗、瑶、侗、土族民众举兵反清，武装斗争已被清王朝镇压下去，但小股苗民的零星起事却绵延不断。

    同治三年（1865）春，芷江辰溪之帽子坡接近麻阳界，有起事者啸聚之患。沅州守备田宗营奉上命带兵出剿，与起事军战于辰邑龙船岩，大破之。复追至芷江麻子山与麻阳知县周焜率军会合，起事者军无所去处，逃至齐天、江口，城乡骚动。芷江知县吴秉慈、典史沈景贤、曾绅庆分率乡团迎头截剿，起事军势孤，很快被平息。

    清朝末期，“五溪蛮夷”起事，逐步演变成土寇造反。同治三年六月，贵州名号“白号”的教徒，由铜仁江口入招田，沅州知府陈佳蕙招募乡勇千人，调团丁五百人，会同协镇饶元馨募忠勇军千人，并本部弁兵前往抗御征剿，在牛坡一战，教徒败走。同年七月，贵州一股苗众起事，攻破天柱县，乘势进入沅州的芷江分水坳，盘踞碧涌，分股侵扰县南冷水溪、沅辰场（原神场），旋至白龙田、洞下场等处。沅州知府陈佳蕙、副将饶元馨、芷江知县熊镇南督率勇丁，分股堵剿，一御洞下场，一御冷水溪深坳。双方相持数日，苗众粮尽，退走天雷、蓝地，官兵追至关刀田，与苗众接仗，斩杀苗众百余人，苗改遁归贵州老巢。此役官兵亦阵亡十余人。

    同治四年二月，总兵周洪印统领飞字营、靖字营、诚字营、长胜营等，驻扎沅州听调。于是沅州城外的望城坡、景星寺、垅坪、窑湾塘等地，营垒相望，兵来兵往，鼓角之声不歇于耳。七月，一股苗由芷江恶滩、柳寨出波州至大洪山，旁扰土桥冷水铺、傅家团、马田一带，所至焚掳横掠，数十里烟火腾空，惨目惊心。是年十月初二，苗陷沅州中寨，由天雷、米贝出梨溪口。当时，团勇驻扎在洞下场，苗转罗岩至碧涌。初九日，火烧掳掠冷水溪、小溪。十一日，至沅辰场、鸡公坡、雪垠等处，所至焚掳，抢去牛马无数。统带靖字营侯选道、戈鉴从远口来归沅州城，遇苗于冷水溪三十六坳，官兵养锐以待，伏莽突出，斩杀苗众数百，苗大溃败，夺回牛羊三百余头，救出被掳妇女儿童无数，出告示令亲人认领回归。

    同年秋，黔苗窜入芷江便水，麻阳戒严。知县吴兆熙、督饬典史沈景贤募勇调团，分赴文昌阁及窑上场堵击，苗不得入。各苗、教复由铜仁之黄蜡窜至凤属纱罗寨，又横窜马脚岩下鱼梁滩，环逼县城，势甚张扬。知县吴兆熙调募勇团分防罗藤岩、文昌阁等处，历时十昼夜，而苗始退，县境得以安全。

    同治五年（1867）五月，湖南大举援助贵州，以臬司兆琛统领龙武军取道沅州进驻八弓。是年十一月，苗扰城西路阿雷，烧掳竹坪，又扰城枒杈屯，形势危急。芷江知县吴秉慈带勇星夜往援，苗败走。

    同治六年正月，苗窜芷江沙溪、黄潭桥，又南入驻马溪、青山、白羊，沿及架溪、楠木坪、长户溪、地户村、周广百余里，到处放火烧屋，地方民众遭屠戮者无数。冷水溪有一洞，宽广深邃，附近居民躲避其中，约三百余人。苗侦知，不敢直入，却用烈火薰烟入洞，三百余人死伤惨烈，全家绝灭者数十户。沅州芷江自苗入境以来，有被骚扰数次者。田园庐舍，半生荆棘，加之瘟疫流行，人户死亡过半，即或是兵勇驻扎其地，亦多传染病毙。

    同年五月，苗又至背凤坡围淘沙屯，因团无壮丁，仅有老幼男妇百名，无力抵御，苗至即溃。苗恣意掳掠屠戮，屯内惨不忍睹。

    同治六年（1868）十月，前贵州臬司记名藩司席宝田总统援黔各军，兼带精毅营来到沅州芷江，留驻二日，探报苗扰天柱与芷江交界的白岩塘，于是星夜出兵追击，苗败走。

    是年十二月，援黔各军自沅州拔营移征思南府荆竹园等处，留统领江西侯补道邓子垣精捷六营在沅州守御。天柱苗孙昌大侦知沅州守备薄弱，遂联络其他苗叛分数道入寇沅州，由大洪山出吴公坡窜麻缨塘。知县吴秉慈（回任）督勇驰援，秉势奋击，苗败走双岩塘。各局团勇尽将沿河船只木筏泊归对岸，团绅张长铭、唐鹤龄等督率团勇于恶滩隔河为堵，三昼夜苗不得渡，乃分散暗从下游偷涉，团勇猝不及防，遂溃败走。当时乡民避难者仅隔一河，妇女牛马多在对河藏匿。苗既渡过河，沿河惨遭劫害，投水溺毙者无数。直到次年正月初旬，精毅营攻破荆州园老巢消息传来，人心才稍定。

    同治七年（1869）正月十九日，苗由芷江榆溪、芷溪流入麻阳东源上中约，警报传来，已是深夜四鼓。县令吴兆熙急忙披衣起床，提笔草檄，分调团勇。征调兵丁尚未集结，而苗由大西阳雀坳一路窜近盈田，千戎马云龙带兵截于盈田，但寡不敌众。苗遂分水陆两路，一路进拖冲，王坳、瓮远、祖冲；一路进窑上、瓮省、官庄等地，焚掠数十里，村寨为墟，男妇死者无数，呼号之声，震动山谷。民众纷纷奔向城下，苗旗随至，形势危急，幸好炮船先已布置，麻阳县令吴兆熙、教谕王振玉、捕厅沈及前令调分守南门河滩并西门城卡，又令城内绅民分途巡逻，多张旗帜以作疑兵，苗遂未敢抢滩攻城。时近黄昏，苗仍游戈对河不退。县令又调团勇并即募勇数十人由东门过河，突入苗阵，作殊死战斗，苗始退官庄窑上一带。是夜，乡团大集，吴县令悬赏征得敢死士二十人潜入近苗山林，烧火放枪，多方惊扰，苗以为官军夜袭，才将掳获辎重牛羊连夜运走。

    次日，镇筸遣谭游戎广胜率兵二百人抵麻阳，高村郝少府亦带团勇来援，商议分途追剿。县令以苗未遭重创，考虑还会重来，城中兵饷两无，遂请示沅州府，后挑派二百精兵，并致函铜仁罗协戍请求三百兵勇来助，又自募乡勇及团练丁壮共二千人，分布东南隘口并城西堡墙为备防。这时已是二月中旬，苗又进入铜仁老狗桥，为席宝田击走。十九日，苗由深冲出漾头司直入县境，先杜壤而米沙再小坡，愈逼愈急，并掳得民船，于二十日黎明分水陆扑犯县境，其水路被炮船击败，而陆路列队城西河洲，竟然意图踏河攻城。哨长骆宏胜率炮船拒于楠木村，排列轰击，苗不得渡。

    深夜，大雨滂沱，哨长罗广彪见苗伏屯中，则率兵奋勇突入，战约半个时辰，苗援赶至，四面包抄，罗元彪率兵勇轮番冲杀，突出重围。勇丁虽有损伤，尚能整队复战。此时，镇筸艾戍之兵至，席营也由高溶驰出，三面夹攻，该苗一败于窑上，再败于盈田，死亡枕藉，余众企图出拖板坡遁归老巢，而遭埋伏于扎牛坪的席军突出袭击，斩杀几尽，其漏脱者又经邻团据捕无遗，自称大王的姜老仓并其伪印亦被擒获送县，总计斩苗千余，解城正法者数十人。夺获器械旗帜无数，邑城危而得安，自此麻阳苗患渐得悉除。

    同治七年（1869）二月，苗由沅州芷江的大洪山进入黄潭桥，分股入沙湾、竹坪铺、五里牌，又由小溪而南至中阳溪、邓家坪，与黄潭桥大股合队，傍晚至沅州城之河西，前街、后街、黄甲街、江西街四处火起，光焰冲天。时值席宝田军攻破荆竹园白莲教老巢，乘胜剿洗偏刀水、轿顶山等处，急刻难以回师。管带精捷邓子垣因任西路统领，席宝田令其留守沅州，仅能保守沅州府城一隅。

    是年三月，席宝田闻沅州城告警，由荆竹园星夜拔营来援。苗侦知席军将至，于是退走北乡大牛坪，席军追击，擒斩数百人，大获全胜，苗四散奔逃。有藏匿林箐中者，饥饿数日，无复人形，想出山又不知路径，遂为地方团丁格杀殆尽，无一苗生还。

    又有苗一股由贡溪出天雷山、梨溪口，席军追至龙驹界，斩杀三百余人，苗自此不敢窥伺边境，沅民渐获安平。

    又三月，苗由麻缨塘进攻寨坡屯不下，接着火烧连河、蓝水、小坪、关口、野鸡冲、罗卜田诸处，转冷水溪盘踞。席宝田督带本部兵勇追杀殆尽。

    四月，精捷营邓子垣知沅郡生民被害，实由天柱土匪孙昌大勾引苗蛮所至，于是督率全军直捣其巢，生擒土匪头目孙大昌，解赴沅州城，凌迟处死。沅境悉宁。