鸦片战争激化了民族矛盾和阶级矛盾。破产农民的暴动不断出现，反抗封建统治斗争此起彼伏。据《清实录》记载，从1843年到1850年间，大小不等的武装暴动不下百次。在随后的年代里，在比较边远的少数民族地区也发生了彝、苗、藏、回、维、瑶、侗等族人民掀起多次武装反抗斗争。其中，时间较长、规模较大、影响较深的主要有青海藏族人民反封建反民族压迫的斗争、湖南湘西苗族抗交屯租的斗争、广西天地会反清起事、库车农民起事等。尽管朝廷反复镇压清剿，总是难以平息，好象割韭菜，割了一层又生出一层，特别是五溪苗疆的暴动，经常不断。光绪元年（1874）为防苗，军门苏元章统带毅、新两营驻沅州，他的军威最整、纪律最严，苗及土寇不敢窥伺，沅郡暂得保全。

    这苏元章字斐然，广西平乐府永安州人，州庠生，家素受封，多隐德。洪秀全、杨秀清广西起义时，其父封翁破产资勇，登埤固守，城陷，巷战死。苏元章兄弟赴乡，归痛父死，发誓灭贼复仇。于是弃儒从军，十余年中，转战楚粵江皖吴越间，镇压太平天国，擒洪秀全儿子洪福王瑱诛之，以功多历保至总兵。同治六年，席宝田挂帅援黔，苏元章为分统将五营进剿，四日中破颇峒、台笠、寨头苗巢。分兵援剿黎平，削平务弄、缪庙等处，得以提督记名。八年，克复镇远府、卫两城，奉上谕赏给三代一品封典。攻破白神坳白所讯，克复清施峒口九股河苗巢，随后克复台拱厅、扫荡著名苗寨五十余处。后扫黄飘白堡苗寨，疏通驿路，俱得从优议叙。同年三月，荡平乌鸦坡全股苗巢，生擒伪大王张臭迷、伪平阳王杨大六、江老拉等，阵斩九大白、岩大五等凶酋，苗疆遂平。奉上谕赏穿黄马褂。十二年，统带毅、新两营驻防沅晃，朝廷赏给头品顶带。

    苏元章驻沅州日久，因军纪严明，民众拥护。“当苗逆初平，散勇蜂屯，莠民麋聚，军门歼渠殄恶，会匪遂清。按里给赏，痞徒尽去。沅郡保全，厥功甚伟。”厥后铜仁报警，则衔枚疾走，移营壤土司。黎平有警，则负戟先登。

    十九世纪的后半叶，随着西方列强势力向长江腹地推进，民族矛盾和阶级矛盾更为突出，据统计，从同治三年到光绪十八年，为清史与地方志载明的大小起事有四十七次，其他“隐见无常，其风至今未息者”更是不胜数。而且他们占山据地，以邻靠交通要道、商贸集散地等的深山为活动据点，形成对清政府的巨大威胁。例如光绪五年（1879）二月，凤凰厅苗民石老华聚众苗人起事，辰沅道但湘良会商，由镇筸镇总兵唐瑞廷派兵镇压。是年夏秋之际，永绥、保靖暴发廖成才尤广太等组织苗族人民反屯抗租，举行起事。时值天灾饥荒，苗民无力缴纳屯租，而官吏督促甚急。保靖清水江苗族农民廖成才组织抗屯。各苗寨首领，如厅城周团、宋武臣、王老黑、张士元、孙喜、永顺的张玉山、刘岳宾等纷纷响应，队伍发展到数千人。廖成才放飘邀约各寨，以七月四日为期，进攻永绥厅城。当日正逢倾盆大雨，河水猛涨，廖成才率苗军冒雨渡河，攻永绥厅城受挫，来援民军又为大雨所阻。廖成才势孤力单，被迫撤退，后被俘遭杀害，起事失败。

    次年二月，凤凰厅董垛寨苗族佃农石老化、石老添、龙有发等集合了数百人，在董垛起事，宣布收回屯田，拒缴屯粮。接着分兵两路，攻击凤凰新寨，勾结两处屯田驻军。四月二十三日，石老化、龙有发转向松桃进军，猛攻盘石讯，企图以此为据点，在凤凰、松桃两厅之湘黔边境建立根据地。但由于驻军防守严密，攻城受挫。四月二十八日，湘黔两省官军数千人，分兵四路大举向董垛进攻，石老化父子兄弟四人战死，石老添及龙有发不知去向。

    光绪九年（1883）十二月，中法战争暴发，原陕甘总督杨岳斌赋闲在乾州老家，朝廷命杨岳斌会办福建军务。杨岳斌没有到任，朝廷又命他帮办江南军务。杨岳斌在沅州、辰州、麻阳、黔阳、凤凰、乾州、永绥等家乡一带大力招兵，十多天内，就招募了苗族、汉族各族乡勇十二营，约六千余人，加紧训练，赴援台湾，于光绪十一年展开了震惊中外的抗法斗争，后收复了台湾。

    光绪二十一年（1895），黄忠浩，黔阳人（早年以优贡生捐资为内阁中书，曾主讲过沅州教席，后为清末将领。）以军事筹防，于黔阳招募兵勇五百名，率往湖北武昌，受鄂抚谭继洵之委，驻守田家镇炮台，以防日本军队滋事。总督张之洞一见器重黄忠浩，调领武靖营，驻守洪山。

    光绪二十五年（1899），沅辰大旱，农民饥饿，流亡、死亡相继。十一月，李白眉毛、李申卿、杨昆山、田才发、杨占春等在沅州芷江碧涌与贵州天柱交界处组织农民起事反清。大家推举李白眉毛为“西大王”，建“大成雷音”年号，约期进攻沅州，建立政权。署理湖南巡抚锡良闻报后，一面电贵州巡抚派天柱县堵击，一面派沅辰永靖道庄赓良驻沅州督兵围攻。李白眉毛、杨昆山被擒遭杀。起事失败。

    二十六年（1900）五月，沅州麻阳县石羊哨粮屯屯长与道员庄赓良在咸池坳强采铅矿，民举谭春狗等上县告状不允，反被扣留，激起民愤，于是以吴忠海为首聚集苗民三千余人围攻县城，但为清军所败。道员、知县带兵追杀至咸池坳，沿途村寨均被清兵纵火焚烧，道旁尸首遍布。

    随着民主革命思想的广泛传播，光绪末年，中国出现了一些革命小团体，如华兴会、光复会、哥老会等，统称会党。他们都以具有民主革命思想的知识分子为主体，以“驱除鞑虏、复兴中华”为宗旨，工作的重点是联络会党，发动起义。

    光绪三十年（1904），著名反清活动家谭人凤曾多次来沅州、辰州等地联系会党，从事反清活动。辛亥革命时期，在全国范围内，湖南的会党最为活跃。湖南会党于1990年自立军起事，1904年在长沙起义，波及萍乡浏阳醴陵起义。1910年长沙抢米风潮，波及湘潭、武冈、永州、郴州、辰州、沅州等地，他们以爱国救亡和反清革命为主要内容。会党自立军的起事，揭开了中国近代资产阶级民主革命的序幕。其基本队伍主要是会党徒众，而且素质比较高。所以湖南哥老会的首领都具有某个方面的高人之处。具体表现在三个方面：一是出身行伍，接受过军事训练，懂得一些军事知识，具有指挥作战能力。二是性喜武功善于使刀弄剑，武艺高强，身手不凡。三是具有一定的文化水准，或饱读诗书、满腹经纶，或留学日本，接受过西学的洗礼。另外建立了完整严密的组织系统，分设“内八堂”和“外八堂”两部分，分管军事头目繁多，制订严格的纪律约章，实行大联合、大统一。当时在川黔的会党，常参与沅州、辰州一带活动。川黔会党的接洽地主要在沅州黔阳的洪江，并成立有“洪江会”。洪江会是湖南会党三股势力之一，徒众最多时达六万之众，并参加过黄兴、刘揆一领导的长沙起义。

    光绪三十二年（1906），“中山光复堂”全军首领邹坤山、向泰山、唐嵩山，以沅州黔阳县龙船塘、深渡、上坪为据点，召集党人，练习武艺，联合宝庆、绥宁会党，拟于四月二十日为唐嵩山祝寿之机，举兵反清，被乡绅向突阶侦悉，密告知县葛文廉。二十四日凌晨，葛文廉督率巡勇直奔深渡，将唐嵩山捆送县城杀害。六月，邹坤山率党人占领龙船塘、熟坪、大坪场，另一部兵力直插岩脚、扶车、下坪，各团囤勇望风披靡。安江告急，省巡防队奉令分两路星夜赶到安江，配合团勇进攻邹坤山。十月，邹坤山在战争中阵亡，余党被杀散，起事失败。